Saint Jean Kilisesi'nin kuzeyinde, tepenin en yüksek noktasında bulunan iç kale, günümüzde yapılan araştırmalara göre Efes'in ilk yerleşim yeri üzerine inşa edilmiştir. Mevcut sur duvarları, Bizans, Aydınoğulları ve Osmanlı dönemlerine ait izler taşır. Taş, tuğla ve harçla inşa edilen bu duvarlar, 15 kule ile desteklenmiştir ve kale, doğu ile batıda bulunan kapılardan girişe açıktır. Bu kapılar doğrudan dışarıya açılmakta olup, dış kaleye bağlı değildir.

Sur duvarlarının iç kısmında, burç ve mazgallara erişim sağlayan dar merdivenler bulunmaktadır. Kale içinde taş döşemeli sokaklar, çeşitli büyüklüklerde sarnıçlar, bir cami ve en yüksek noktada bir kilise kalıntısı yer alır. Kilisenin apsis kısmı, Aydınoğulları döneminde bazı eklemelerle sarnıç olarak kullanılmıştır. Ayrıca, caminin batı kısmında, kale hamamı olabilecek bir yapı kalıntısına da rastlanmıştır. Bu kale, tarihî ve mimari zenginlikleriyle Efes’in geçmişine ışık tutan önemli bir yapıdır.